Big Brain Academy é um puzzle focado na memória, lógica, razão, matemática e comparação visual. A grande diferença do game em relação aos outros do gênero é a inexistência de uma prioridade na resolução de determinado desafio; todos os testes são enfatizados da mesma maneira.

No jogo, os testes são feitos para calcular o peso do cérebro do jogador — quanto mais pesado ele for, mais rápido e eficaz é o raciocínio do usuário. As perguntas podem ser agrupadas em cinco espécies de raciocínio: pesamento, memorização, análise, computação e identificação.

Após a resolução dos desafios, o jogador recebe uma nota e uma indicação de quais áreas precisa melhorar. Além disso, o game indica-o quais profissões são ideais para você, levando em conta as suas qualidades e seu tipo de raciocínio.