Brain Age 2 — tal como seu antecessor, contém uma série de minigames, que são exercícios educativos cuja finalidade é treinar o cérebro, para torná-lo mais alerta. O jogo é baseado nas teorias do Dr. Ryuuta Kawashima, neurocirurgião japonês, o qual defende que o cérebro, como o próprio corpo, deve ser exercitado, porque perde muito de sua vitalidade com o passar dos anos.

As atividades propostas, no modo Daily Training, envolvem atenção, rapidez e, algumas vezes, memorização. Novos exercícios foram adicionados a essa seqüência, entre eles, 100 novas partidas no modo sudoku — jogo matemático japonês — novas atividades envolvendo resolução de eqüações matemáticas, soletração e formação de palavras em inglês. Além disso há um jogo de memória, um de jokempô e outro que exige que se pressione as teclas de um piano de acordo com as notas musicais mostradas.

Outra inovação dessa seqüência é a introdução de um jogo no estilo tétris, o Virus Buster, uma adaptação do Dr. Mario, no qual é preciso rotacionar e direcionar cápsulas de remédio, que caem do alto da tela, em cima dos vírus, que estão na parte inferior da tela. Esse minigame só pode ser acessado depois que o usuário completa suas atividades do dia.

Em todos os exercícios, o jogador deve falar em voz alta ou escrever a resposta, pressionando a caneta Stylus sobre a tela do Nintendo DS. Brain Age 2 apresenta um sistema melhorado de reconhecimento de voz e de escrita à mão, o que possibilita mais diversão.