Em Final Fantasy Fables: Chocobo Tales, o protagonista vive com os magos Shiroma e Kuroma numa ilha cheia de paz, terra protegida pelos quatro cristais elementares. Tudo corria bem até que Kuroma achou um misterioso livro, que ao ser aberto sugou todo mundo para o seu interior.

O livro, na verdade, é um grande demônio, que no passado transformou em cinzas quase dois terços do mundo. Mas o diabo Bebs ainda não recuperou todas as suas forças e cabe ao mascote salvar seus amigos e impedir o Mal.

Explorando o cenário, o passarinho amarelo pode encontrar inimigos. A maioria são monstros clássicos de Final Fantasy, mas eles aparecem com se tivessem sido desenhados num papel e recortados, como em Paper Mario. Além disso, há diversos minigames, que podem fornecer cartões.